Toen Bep eind 1951, na terugkomst in Nederland, de functie van directrice in het Havenziekenhuis te Rotterdam aanvaardde, wachtte haar opnieuw een pittige taak. Er moest veel verbouwd, uitgebreid en gereorganiseerd worden. In het Havenziekenhuis had Bep Engelberts de leiding over de verpleging, de opleiding van leerlingen en de persoonlijke zorg voor de patiënten. Dat deed ze zo voortvarend, dat het Havenziekenhuis een grote reputatie kreeg als opleidingsinstituut voor leerling-verpleegsters. Het aantal verpleegsters in vaste dienst groeide en veel oud-leerlingen keerden, na het verkrijgen van aanvullende diploma’s elders, graag naar het Havenziekenhuis terug.